Η έκδοση λογισμικού ΜΕ3 είναι πλέον άμεσα διαθέσιμη από τη Škoda, η οποία θα ξεκινήσει να ενημερώνει σχετικά τους ιδιοκτήτες των αυτοκινήτων Enyaq. Πρόκειται για μία σημαντική αναβάθμιση, η οποία δεν μπορεί να γίνει over-the-air αλλά απαιτείται η είσοδος του αυτοκινήτου σε κάποιο εξουσιοδοτημένο συνεργείο, με την όλη διαδικασία να απαιτεί περίπου πέντε ώρες.  

Με την ΜΕ3 η εταιρία επεμβαίνει ουσιαστικά σε όλους τους βασικούς τομείς του αυτοκινήτου. Ξεκινώντας από την ηλεκτρική διαχείριση, οι μηχανικοί της φίρμας κατόρθωσαν να μεταβάλλουν στα σημεία τα θερμικά φορτία και τη ροή ενέργειας, αυξάνοντας έτσι τη συνολική αυτονομία και το ρυθμό φόρτισης. Πλέον τα Enyaq με μπαταρία 62 kWh θα εξασφαλίζουν μέγιστο ρυθμό φόρτισης 120 kW, ενώ τα μοντέλα με τη μεγάλη μπαταρία των 82 kWh θα δέχονται συνεχές ρεύμα έως 135 kW.

Το νέο λογισμικό, μεταξύ άλλων, εισάγει και μια λειτουργία φροντίδας μπαταρίας στην οποία η μπαταρία θα φορτίζει έως το 80% όποτε το σύστημα κρίνει, ώστε να βοηθά στην παράταση της διάρκειας ζωής της. Φυσικά, εάν ο οδηγός το θελήσει, αυτή η λειτουργεία παρακάμπτεται, με το σύστημα να μπορεί να φορτίσει πλήρως ανά πάσα στιγμή.

Βελτιώσεις παρατηρούνται επίσης σε επίπεδο user interface, στο ψηφιακό Cockpit και στο head-up-display. Η κάμερα οπισθοπορείας προσφέρει αυξημένη αντίθεση για καλύτερη ορατότητα του περιβάλλοντος χώρου του οχήματος. Τα γραφικά φόρτισης και εμβέλειας στο σύστημα infotainment περιλαμβάνουν πλέον επίσης μια ένδειξη του προορισμού και τυχόν απαιτούμενων στάσεων φόρτισης. Επιπρόσθετα, μία σειρά από διαδικτυακές υπηρεσίες ŠKODA Connect αναπτύχθηκαν περαιτέρω ή βελτιώθηκαν, έτσι ώστε να γίνουν πιο φιλικές και χρήσιμες στον οδηγό.